Kandidat za direktorja mora imeti visoko izobrazbo ustrezne zdravstvene smeri. Tako mora imeti opravljen študijski program najmanj druge stopnje oziroma izobrazbo, ki ustreza drugi stopnji. Opravljeno mora imeti specializacijo s področja javnega zdravja, socialne medicine, epidemiologije ali higiene oziroma drugo podiplomsko izobrazbo z navedenih področji.
Med pogoji je svet NIJZ v razpisu še navedel, naj ima kandidat najmanj deset let delovnih izkušenj, od tega pet let na vodilnem položaju.
Mandat direktorja traja štiri leta, po poteku mandata pa je lahko ponovno imenovan. Direktorja imenuje in razrešuje svet zavoda s soglasjem vlade, ki je ustanoviteljica.
Ko je svet NIJZ z mesta direktorice 20. marca razrešil Nino Pirnat, je za v. d. direktorja imenoval Ivana Eržena. Slednji se je konec marca kritično odzval do zaostrovanja omejevalnih ukrepov za boj proti novemu koronavirusu, za katere se je odločila vlada. Zato se je ugibalo, ali utegne svet zavoda Eržena razrešiti, a je svet napovedal razpis za imenovanje direktorja.
